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药物“有寒热温凉四气”
《本经》所言药物有“寒、热、温、凉四气”
。
四气，即四性，是药物或食物的寒热温凉四种性质，与人们味觉可感知的五味相对而言，四气属阳，五味属阴，也就是《素问?阴阳应象大论》“阳为气，阴为味”
之意。
事物之阴阳属性是可分的，“阳中有阴，阴中有阳”
，故药物寒热温凉之性还可再分阴阳。
温性、热性为阳，凉性、寒性属阴。
热甚于温，寒甚于凉，其中只是程度的差异。
温热药有微温、温、热、大热的不同量级；寒凉药有凉、微寒、寒、大寒的不同量级，如果在性质上没有寒热温凉明显的性质差异，于是就用“平”
标定其性质。
认为药“有毒无毒，斟酌其宜”
《本经?序录》中“有毒无毒，斟酌其宜”
指的是在临证用药时，务必要熟悉哪些药物有毒，哪些药物无毒。
有毒之药，其毒性之大小及程度何如等等，然后再根据临证实际情况，斟酌用药。
认为药有“七情和合”
《本经?序录》认为：药“有单行者，有相须者，有相使者，有相畏者，有相恶者，有相反者，有相杀者。
凡此七情，合和视之。”
这就是药物配伍理论中“七情和合”
的源头，指药物配伍中的特殊关系。
当然，以现在的科技和医学条件，印证了专着所在的缺陷。
《本经》虽经后人归类为医学传统经典，但严格站在医学角度来说，由于历史和时代的局限，《本经》还是存在一些缺陷的。
其局限性主要表现在以下几点：1药物总数的确定拘泥于术数，书中收载的药物仅365种，在汉代以前，人们认识的药物已远不止此数。
据资料统计，《山海经》有药物124种，《诗经》中提到可入药的动植物100余种，《五十二病方》运用药物247种。
《本经》载药拘泥于365之数，许多汉代常用药物，如《急就篇》中提到的艾、乌喙，《金匮要略》和《伤寒论》方中经常使用的白前、香豉、白酒、苦酒等，《本经》均未收入。
以致遗落了许多汉代常用药物。
2部分药物学理论受儒家思想影响，而脱离临床实践，如《本经》“上药为君”
的配伍原则和机械地规定方剂中君臣比例等。
“上药为君”
是汉代儒家尊君思想的折射，是《本经》作者将儒家君臣体系在方药配伍中的理想化。
上药应天，在方剂中的地位只能居于最贵，故为君，同样的道理，中药应人为贱，下药应地更贱，故只能居于臣属佐使的地位。
《本经》还规定了方剂中的君臣比例，强调方中君药的唯一性，臣多于君，佐多于臣，使多于佐，“药有君臣佐使，以相宣摄合和，宜用一君二臣三佐五使，又可一君三臣九佐使也。”
这正是儒家政典模式的缩影。
这种理想化的君臣格局，对临床用药指导意义不大。
3受方士的影响，片面夸大药物的养生延年作用，在汉代的方士们看来，金石不朽，炼饵食之，其效用更在草木凡品之上。
故《本经》中金石类药物占了很大的比重，共45味，占全书药数的12，这一比例居历代本草之冠。
4对金石类药物的功效和毒性存在错误认识，故对后世造成不良影响：关于金石类药物的医疗作用及其毒性，早在周代即有认识。
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