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崇祯死后，阮大铖的死党马士英辅佐朱由崧在南京称帝，阮大铖又出任弘光帝政权的兵部尚书。
他一上台便抛出一个名叫《蝗蝻录》的黑名单，大肆捕杀东林党人和复社成员，黄宗羲不幸被捕。
后因提审延期，在1645年清军攻进南京后，黄宗羲得幸逃脱出来。
这时，张国维、张煌言等在绍兴拥立鲁王朱以海坚持抗清，黄宗羲集合起黄竹浦子弟数百人起兵响应，他被任命为鲁王政权的监察御史，从此踏上了8年抗清的艰辛历程。
鲁王政权中主持军务的孙嘉绩、熊汝霖等人是一帮没有指挥才能，更不敢率兵出击收复失地的书生，黄宗羲处处受到这帮庸人的节制操纵，不能有所作为。
1646年6月，清兵进入浙东，鲁王南逃，黄宗羲率领五百名残兵在四明山结寨固守，抵抗清兵的进攻，但终因力量单薄而被打败了。
为了躲避清朝统治者的悬赏通缉，黄宗羲置身于深山草莽之中。
在食宿十分艰难的情况下，他仍然以顽强的毅力创作完成了《春秋日食历》《授时历》《故大统历》《新推交食法授时历》《西历假如》《勾股图说》《开方命算》《割圆八线解》《测圆要义》等一些天文学、数学方面的著作，为我国科技史增添了光辉的一页。
在亡命的日子里，他得知鲁王在钱塘江，曾再度投奔鲁王的帐下，但这时鲁王的政权已是晚景凄凉了，一帮愚蠢的将领左右着鲁王，黄宗羲连提一句建议的机会也没有，还留在这里干什么呢？于是他决定回乡“毕力
于著述”
。
康熙手谕
1661年康熙帝即位，清朝统治已稳定下来，这一年黄宗羲也结束了武装抗清的斗争生活，从此避居乡间，专心著述。
1663年，著名的《明夷待访录》问世。
在这部书中，黄宗羲提出了两大著名的思想，在中国思想文
化史上竖起了一座丰碑。
其一，他提出了“天下之治乱，不在一姓之兴亡，而在万民之快乐”
的思想，严斥君主专制制度，书中字里行间闪烁着民主思想的光辉，该书后来成为晚清戊戌变法中维新派的有力思想武器。
其二，黄宗羲在《明夷待访录》里还提出了“工商皆本”
的先进思想。
中国古代社会，商人经商一直受到抑制，被认为是最低贱的行业，致使中国古代社会一直处于小农经济的状态，社会发展缓慢。
黄宗羲敢于向传统的愚昧专制思想挑战，这在当时是需要相当大的魄力和远见卓识的。
1665年，黄宗羲收徒讲学，后来成为著名学者的万斯大、万斯同等人都出于他的门下，1667年他又恢复了他的教师刘宗同创办的证人书院。
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